Genoom in 3D: Eerste gedetaillerde beelden van bacterieel chromosoom
Voor het eerst is een 3D-plaatje gegenereerd van het complete DNA van een bacterie. Het chromosoom blijkt tamelijk regelmatige zigzagstructuur te vormen die zich oprolt tot een ellips, zo werd zojuist onthuld in het tijdschrift Molecular Cell. De onderzochte bacterie heet Caulobacter crescentis. Daarbij is specifiek gekeken naar ‘swarmer cells’, de vrij rondzwemmende dochtercellen die karakteristiek zijn voor dit bacteriegeslacht. Zo’n cel bevat één ringvormig chromosoom van ongeveer 4 miljoen basenparen. De 3D-vorm van die ring is nu opgehelderd met behulp van een techniek die ‘chromosome conformation capture carbon copy’ (5C) wordt en die een ruw beeld geeft van de ruimtelijke coördinaten van bepaalde punten op het chromosoom. Duizenden van die coördinaten werden vervolgens ingevoerd in een computermodel dat een gedetailleerd plaatje van het chromosoom genereerde. Voor wie precies wil weten hoe het werkt, heeft Molecular Cell het hele artikel gratis online gezet. De meest opvallende ontdekking is dat de structuur in hoge mate wordt bepaald door één fragment van ongeveer 500 basenparen aan een punt van de ellips. Dit stuk, genaamd parS, is kennelijk het anker waaraan het chromosoom vasthangt in de cel. Knip je parS uit het chromosoom en plak je het er op een andere plek weer tussen, dan verandert het complete chromosoom van vorm, zo hebben de onderzoekers experimenteel kunnen vaststellen. Het gevolg is dat parS toch weer op de punt zit. Opvallend is dan ook weer dat de exacte locatie van parS heel weinig lijkt uit te maken voor de genetische expressie van de rest van het chromosoom.
Reageer of vul aan: